Pour réaliser ses objectifs, la SSAI est dotée de trois commissions :
- Commission de spécialité clinique CSC, axée sur la représentation de la discipline de spécialisation Allergologie et immunologie clinique.
- Commission du laboratoire de diagnostic de CLD, axée sur la représentation du diagnostic clinique-immunologique de laboratoire.
- Commission d'immunologie expérimentale CIE, axée sur la représentation de la recherche immunologique expérimentale.